1、潛伏期：尚未有准確報道。目前估計在7天以內，一般為1～3天。
2、臨床症狀：H5N1病毒感染者多呈急性起病，早期表現類似普通型流感，主要為發熱，體溫大多持續在39℃以上，熱程1～7天，一般為3～4天，可伴有流涕、鼻塞、咳嗽、咽痛、頭痛、肌肉酸痛和全身不適。部分患者可有惡心、腹痛、腹瀉、稀水樣便等消化道症狀。多數輕症病例預後良好。重症患者病情發展迅速，可出現肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、腎衰竭、敗血症、休克及Reye綜合征等多種並發症，嚴重者可致死亡。治療中若體溫持續超過39℃，需警惕重症傾向。H7N7感染者症狀較輕，大多數患者可出現眼結膜炎，少數患者伴有溫和的流感樣症狀。H9N2感染者僅引起一過性的流感症狀，尚無死亡病例報道。
3、體征：重症患者可有肺部實變體征等。
4、並發症：多數輕症病例預後良好，且不留後遺症。某些病例(特別是H5N1感染者)病情發展迅速，出現重症肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多髒器功能衰竭、敗血症、休克及Reye綜合征等多種並發症，可導致死亡。1997年香港18例病人中有8例為輕度上呼吸道感染，4例出現重症肺炎，給予呼吸支持後最終痊愈。6例病人監護後仍死於各種並發症。